En fredag i februar freses det kjøttdeig på kjøkkenet i flere tusen hjem. Det som skulle være helgekos, blir i stedet starten på et nasjonalt utbrudd av salmonella med ukjent opphav.

Folkehelseinstituttet og Mattilsynet jobber iherdig med å spore smittekilden til utbruddet som har rammet folk over hele Norge. Folkehelseinstituttet tar kontakt med Veterinærinstituttet og forteller at kilden til smitten mest sannsynlig er mat.

Spørsmålet er om Veterinærinstituttet har fått inn noen prøver med Salmonella enteriditis, en bakterie som ikke er vanlig i Norge.

– Det hadde vi, forteller seniorforsker Camilla Sekse ved Veterinærinstituttet.

Kvalitetssikrer analyser

Veterinærinstituttet er et nasjonalt referanselaboratorium for salmonella, noe som betyr at salmonellabakterier blir sendt inn fra laboratorier fra hele landet.

Prøvene er tatt fra dyr, fôr eller matvarer og blir analysert på ny for å kvalitetssikre resultatet.

Sekse forteller at Veterinærinstituttet, i tillegg til den tradisjonelle analysemetoden kalt serotyping, gjennomførte en såkalt helgenomsekvensering av bakterie-DNA-et.

Ved serotyping klassifiserer forskerne bakterier av samme art basert på identifisering av spesielle proteiner på bakteriens overflate.

– Vi sekvenserte hele DNA-et til de identifiserte salmonellabakteriene og fikk bekreftet at dette var S. Enteriditis.

Leser bakteriens arvemateriale

Enkelt forklart betyr helgenomsekvensering at forskerne bruker en metode som gjør det mulig å lese hvordan hele bakteriens genom er bygd opp. De avdekker hele oppskriften til hvordan bakterien er bygd opp og fungerer.

Dette kalles også for bakteriens arvemateriale.

– Årsaken til at vi gjorde dette denne gangen, var at vi hadde identifisert noen innsendte bakterieprøver som S. Enteriditis. Sammenligninger viste at dette var den samme serotypen Folkehelseinstituttet fant i prøver fra utbruddet.

Seniorforskeren forteller at de i tillegg bestemte seg for å sekvensere det de hadde fått inn av S. Enteriditis fra slutten av 2020 til midten av mars 2021.

– I alt fire prøver hadde serotypen til S. Enteriditis, og oppskriften som helgenomsekvenseringen gav oss, bekreftet det første funnet, forklarer Sekse.

Sammenligner fingeravtrykk

Bakteriens arvemateriale er like unikt som et håndavtrykk, og enkelte av genene til bakterien kan sammenlignes med deler av et fingeravtrykk.

Sekse forklarer at de etter å ha fått et bilde av hele «håndavtrykket», valgte ut fastsatte deler av bakteriens «fingeravtrykk» på bakgrunn av et skjema.

Metoden heter MLST, multilocus sequencing typing. Forskerne ser på gener som finnes i alle salmonellabakterier, eller bestemte deler av «fingeravtrykket» i bakterien, for så å sammenligne dette med deler av «fingeravtrykk» i en database.

Forskerne sendte så hele bakteriens «håndavtrykk» til Folkehelseinstituttet. Forskerne der sammenlignet andre deler av bakteriens «fingeravtrykk» med bakterieprøver fra mennesker som hadde blitt syke av salmonella.

– Fingeravtrykkene stemte med hverandre, sier seniorforskeren.

Samtidig hadde Mattilsynet gjennomført intervjuer med pasienter som hadde blitt syke av salmonella og kommet frem til at flere hadde spist rå kjøttdeig eller karbonadedeig.

– Vi visste at prøvene vi hadde sekvensert kom fra innført kjøtt, sier Sekse.

Sikker på smittekilden

Hun forteller videre at etter at Folkehelseinstituttet hadde sammenlignet bakterienes «fingeravtrykk» med hverandre og funnet at de var like, sendte de «håndavtrykket» fra salmonellabakterien som hadde gjort de smittede pasientene syke til Veterinærinstituttet.

– Vi sammenlignet så «håndavtrykket» vi hadde fra bakteriene fra prøver av kjøtt med hele «håndavtrykket» fra bakteriene som hadde gjort folk syke, forteller seniorforskeren.

De stemte helt med hverandre. I tillegg hadde forskerne ved både Veterinærinstituttet, Mattilsynet og Folkehelseinstituttet sykdomsdataene fra pasientene og prøvene.

– Dette gjorde at vi var helt sikre på at kjøttprøvene vi hadde undersøkt var kilden til smitten som hadde gjort folk syke, forklarer Sekse.

Veterinærinstituttet reproduserte altså resultatene fra Folkehelseinstituttet. Slik kvalitetssikring er også viktig for beredskap, og i fremtiden kan dette ha en stor betydning.

– Om vi kunne sekvensere hele arvematerialet til alle salmonellaprøvene som vi får inn, vil vi i Norge bygge opp en database over kjente varianter av salmonella.

En slik database eksisterer allerede hos Folkehelseinstituttet, som rutinemessig helgenomsekvenserer alle salmonellaprøver fra mennesker.

Ved Veterinærinstituttet ønsker de seg en oversikt over prøver fra dyr, kjøtt eller andre matvarer som kan gjøre folk syke. Til sammen vil dette sikre en raskere og bedre sporing ved smitteutbrudd og større sannsynlighet for å finne kilden.

Årsaken til at de greide å finne kilden denne gangen, var nettopp at forskerne både hadde sekvenserte prøver fra mennesker og det importerte kjøttet fra Tyskland.

Bakterienes forbryterregister

Ønsket er å lage et slags forbryterregister, en komplett oversikt, over forskjellige varianter av salmonella som er funnet i Norge.

– Vi vil gjerne vite om vi har sett disse variantene før, hvor vi har sett dem og om de er farlige. I dag er det vanskelig å trekke slike konklusjoner fordi vi ikke vet hva som finnes der ute, forklarer seniorforskeren.

Helgenomsekvensering kan i fremtiden fortelle forskerne alle detaljene i «skurkens» arvemateriale eller DNA, og avsløre om varianten av salmonella er den forskeren tror den er.

– I dag gjennomfører vi ikke helgenomsekvensering rutinemessig. En slik type overvåkning ønsker vi å kunne gjøre på lengre sikt, sier Sekse.

Hun poengterer at et «forbryterregister» over kjente salmonella og andre skumle bakterier vil føre til at de kan identifisere «skurken» raskere enn i dag.

– En raskere identifisering av skumle bakterier vil kunne spare liv og helse, forteller Camilla Sekse.

Artikkelen er produsert og finansiert av Veterinærinstituttet

Veterinærinstituttet er én av 77 eiere av forskning.no. Deres kommunikasjonsansatte leverer innhold til forskning.no. Vi merker dette innholdet for å tydelig skille formidling fra uavhengig redaksjonelt stoff.
Her kan du lese mer om ordningen.

Fikk du med deg disse artiklene fra Veterinærinstituttet?

• 

  – Vi kan ikke hvile på laurbærene selv om vi ikke har hatt sykdommen i Norge siden 1952

• 

  Hva er poenget med dødelighetstall?

• 

  Nye mattrender: Kan vi få tak i mat fra alle verdens kroker i fremtiden?

• 

  Derfor fløy Nissen norske reinsdyr til Canada

• 

  – Utviklingen i oppdrettsnæringen har gått feil vei

• 

  7 millioner fisk døde i 2019. Nå vet forskerne mer om hvordan det skjedde

Les flere saker fra Veterinærinstituttet her.